Tumbes fue una región poblada desde tiempos anteriores al imperio incaico por grandes grupos humanos dedicados a la agricultura, la caza y el comercio. Sus antiguos pobladores fueron considerados por las tradiciones como los más grandes navegantes de la costa peruana. Destacaron en el tallado de valvas de conchas de puntas, Pata de Burro y otros moluscos. Posteriormente, la zona estuvo incorporada al dominio del gran Chimú. Durante el incanato, y especialmente en el gobierno del inca Pachacutec, los cusqueños extendieron sus dominios hasta Tumbes.

En la época del incanato Tumbes tuvo un rol muy importante en los destinos políticos del Tahuantisuyo donde Pachacutec lo sometió a su dominio y después del año 1400, se dirigió a las islas punaeñas y fue Huayna Cápac quien lo convirtió en un centro de operaciones desde donde salió con su ejército a dominar a los Punaeños. Por esta razón el monarca dio mayor importancia a Tumbes y mandó a construir caminos, viviendas, palacios y templos.

En 1532 los primeros españoles llegaron al Perú a través del estero La Chepa al mando de Francisco Pizarro. Fue en estas tierras en donde se dio el primer encuentro entre la cultura occidental y el Imperio inca, marcado por una férrea resistencia por parte de los indígenas dirigidos por el Curaca Chilimasa. Antes de partir hacia el sur Pizarro colocó una cruz, símbolo de la cristiandad, en la playa que hoy conocemos como caleta La Cruz..

Tumbes es una de las primeras ciudades en liberarse del yugo español, proclamando su independencia el 7 de Enero de 1821. En el año 1941 tuvo que afrontar un conflicto con el Ecuador por problemas limítrofes, situación que ha quedado solucionada de manera definitiva por un Acuerdo de Paz firmado en octubre de 1998.